Foi muito criticada, sobretudo pelos seus gastos excessivos, mas foi muito amada também. Conquistou a simpatia do povo com a bondade natural do seu coração impressionável pela fome, pela dor, pela miséria.
A certa altura começou a circular que a rainha mantinha uma relação extraconjugal com Tomás de Sousa Rosa, um capitão de cavalaria, oficial de D. Luís. Embora a rainha se defendesse que o homem era um amigo, um confidente que a ouvia, lhe dava conselhos e com quem gostava de conversar (pese embora a sua vaidade se alimentar do olhar reconhecido do militar ante a sua beleza), o rei acabou por repreendê-la e dar ordens para o afastamento do militar.
Quer com o filho Carlos que não se inibia de a criticar pessoalmente ou de tentar exercer sobre ela algum autoritarismo, quer com a nora Amélia a quem não agradavam os seus gastos, as suas despesas excessivas, quer com a cunhada Antónia, desde sempre a grande confidente e defensora do rei, o seu relacionamento foi sempre conflituoso. Só com Afonso, o filho mais novo, a sua relação foi sempre boa e próxima. Entre as várias damas da corte que a acompanhavam ou com quem conviveu, elegeu como grande amiga a condessa de Rio Maior, Maria Isabel d’ Anunciação: uma ótima companheira, divertida e com conversas muito inteligentes.
Entretanto, Luís, com o seu estado de saúde muito frágil, vinha dando cada vez mais sinais de que não andava bem. Os médicos conversaram com a mulher preparando-a para a inevitabilidade da morte. Maria Pia foi, então, incansável nas atenções que lhe reservou.
A 19 de outubro de 1889 morreu D. Luís, após uma dolorosa agonia, o que causou na rainha um profundíssimo desgosto. Cada vez mais era afetada por emoções contrastantes: ora uma profunda tristeza que a levava a ficar completamente sem ânimo, abatida, chorando por tudo e por nada, ora uma enorme excitação, uma energia descontrolada, uma alegria exuberante.
Sucedeu-lhe o filho primogénito Carlos, que se casara há apenas três anos com a princesa francesa Maria Amélia de Orleães, de quem tinha um filho, Luís Filipe (Manuel, o segundo filho, nasceria cerca de um mês depois). Com a morte do marido e a ascensão do filho, Maria Pia tornou-se na rainha-mãe de Portugal.
Carlos, rei aos vinte e sete anos, herdou uma monarquia desacreditada, uma coroa endividada ao erário público, uma corte medíocre, um défice gigantesco e uma dívida externa galopante, um sistema político esgotado, uma classe política incompetente e corrupta, uma forte oposição dos republicanos cada vez com maior implementação na Europa e maior número de simpatizantes no país.
O desfecho trágico era inevitável. Atravessando um dos mais conturbados períodos da vida política nacional, acusado de mau político, bon vivant, mulherengo, gastador, comezainas, traidor e conivente com os interesses ingleses, desatento dos problemas do país e distante do povo, o rei nunca soube fazer-se compreender, foi sempre mal-amado. A última gota de água foi quando, em 1906, nomeou o ditador João Franco como primeiro-ministro.
Na tarde de sábado do primeiro dia de fevereiro de 1908, D. Carlos I e o príncipe herdeiro, Luís Filipe são assassinados no Terreiro do Paço, em Lisboa, no interior de um landau em que se faziam transportar, por dois homens membros da Carbonária, uma sociedade secreta e revolucionária associada à Maçonaria e ao Partido Republicano.
Foi sem glória que o país se despediu do rei. Poucos choraram convictamente a morte do monarca e os assassinos foram consagrados heróis nacionais. No dia seguinte ao funeral, a notícia da morte do rei e do príncipe real foi dada displicentemente enquanto os ardinas apregoavam pelas ruas: «Olha os retratos do Costa e do Buíça. Olha o retrato dos mártires.»
A dolorosa perda do filho e do neto, vítimas de tão horrorosa tragédia, abalou-a profundamente, tornando-a meia-demente.
Durante o breve reinado do neto mais novo, D. Manuel II, manteve-se praticamente retirada e quase sempre acompanhada do segundo filho, Afonso.
No dia da revolução republicana, a 5 de outubro de 1910, a rainha que se encontrava no palácio da Ajuda foi escoltada para a Tapada de Mafra e daí levada até à praia dos Pescadores, na Ericeira, donde partiria com o filho Afonso, a nora Amélia e o neto Manuel, a bordo do iate D. Amélia, para o exílio.
Mal sabia a rainha que exatamente 48 anos depois de ter chegado a Portugal (a 5 de outubro de 1862), com tanta pompa e festividade, teria agora de abandonar o país, em silêncio, às escondidas, humilhantemente. Dizem que protestava, que se recusava a abandonar o país, que ofereceu resistência e que embrulhada numa triste manta, com um pão debaixo do braço, triste, assustada, evidenciando claros sinais de loucura, acabou por entrar na barca que a haveria de conduzir ao iate real. Tudo sob o olhar atónito da população que observava do topo da falésia, no muro das ribas, tão insólito acontecimento.
Depois de uma vida tão pouco feliz, de tanto sofrimento, de um destino tão trágico, de ter visto partir todos os irmãos, mãe, pai, o marido, um filho, um neto… era a sua vez. Morreu no dia 5 de julho de 1911, no palácio de Stupinigi, em Turim, Itália, na terra onde nascera à sessenta e três anos atrás.
Faleceu na companhia do filho Afonso, da prima, a rainha Margarida, viúva do seu irmão Humberto, da sua querida amiga a condessa de Belas, que a acompanhou nos últimos tempos e da nora Amélia, que veio de Londres para a visitar.
Já muito doente, enferma, acamada, quando o filho percebeu que dava os últimos suspiros, a seu pedido, ergueu-a da cama e virou-a para que os seus olhos ficassem de frente para a janela e pudessem fechar-se de vez, virados para Portugal, o seu país.
O seu corpo foi sepultado no panteão real dos Saboias, na Basílica de Superga, em Turim.
