Durante esse período negro da nossa história, em que reinou a barbárie e o medo, cerca de cinquenta mil processos foram movidos contra pessoas. Mais de duas mil foram queimadas vivas: judeus, muçulmanos, ateus, protestantes, homossexuais, bígamos e tantos outros, indiciados por crimes considerados heréticos, desde a feitiçaria à blasfémia.

A simples denúncia, o mais banal boato, a mera desconfiança ou a vontade de destruir alguém, condenavam à prisão, ao confisco dos bens, à tortura ou às chamas da morte quem atentasse contra as regras da Igreja.

A 4 de abril de 1571, a Inquisição mandou prender Damião de Góis (1502 – 1574), na cadeia do Limoeiro, em Lisboa, por alegados crimes cometidos quatro décadas antes, baseando-se numa denúncia do fundador dos jesuítas, o padre Simão Rodrigues, que passara com ele uma temporada em Pádua, em meados da década de 1530.

À data, o humanista, com 69 anos de idade, era guarda-mor da Torre do Tombo, historiador do reino, com vários trabalhos publicados. Um homem público, de reconhecido valor.

Os inquisidores do Santo Ofício interrogaram-no acerca de uma viagem realizada há quarenta anos atrás, em 1531 (ainda antes de haver Inquisição), como embaixador, ao serviço do rei D. João III, a vários destinos europeus, e do seu convívio com protestantes – isto, numa altura em que a contra-reforma ainda nem sequer se tinha verdadeiramente iniciado.

Dez dias depois, a 14 de abril, Damião de Góis foi transferido para a prisão dos Estaus, no topo norte da praça do Rossio – onde hoje se encontra o Teatro Nacional D. Maria II.

O intelectual Renascentista, dotado de um dos espíritos mais abertos e críticos da sua época, que ocupara cargos importantes no reino, tendo sido, por exemplo, cronista de D. Manuel I, agora sem proteção real, viúvo e velho, era acusado de dar-se com hereges, de ter comido carne em alguns dias proibidos pela igreja (ainda que possuísse uma dispensa papal, que por motivos de saúde lhe permitia comer carne, ovos, leite e seus derivados), de ter dito que os alemães faziam coisas melhor do que os portugueses (nomeadamente, «tratar dos pobres»), de receber em sua casa estrangeiros e de com estes «cantarem coisas» que «não eram cantigas que cá costumam cantar-se», de ser «pouco misseiro».

Damião de Góis alegou em sua defesa que se manteve sempre «um bom católico» – sem, porém, convencer os inquisidores que lhe fizeram acusações no plano teológico, comportamental e cultural.

Acabou condenado a prisão perpétua, sem auto-de-fé e sem abjuração pública, classificado como «hereje, luterano, pertinaz e negativo» e com confisco de todos os seus bens. No silêncio e incomunicabilidade do cárcere ainda haveria de rogar (todavia, em vão): «peço-lhes que me mandem emprestar um livro em latim para ler, qual lhes parecer, porque estou apodrecendo de ociosidade e com o ler se me passam muitos pensamentos».

No final de 1572, foi transferido para o Mosteiro da Batalha e, passado um ano, em dezembro de 1573, já muito doente, foi libertado, tendo-lhe sido permitido regressar à sua casa em Alenquer (sua terra natal) onde acabaria por morrer, só e abandonado, na mais completa miséria, a 30 de janeiro de 1574.