No dia 2 de Setembro de 1941, um Einsatzgruppe actuante no Báltico, juntamente com os seus colaboradores lituanos, iniciaram um massacre na floresta de Ponary, matando cerca de 3.700 a 4.500 judeus de Vilna (Wilno, Vilnius), onde o gueto viria a ser encerrrado quatro dias depois. Em 12 de Setembro, dia em que Hitler ordenou a transferência de forças blindadas da frente de Leninegrado para Moscovo, o general Keitel esclareceu junto dos seus comandantes que, na União Soviética, eram exigidas «medidas duras e enérgicas, antes de mais contra os judeus, os principais portadores do bolchevismo».

A situação militar na URSS mudou transitoriamente, no âmbito da ofensiva alemã iniciada nesse dia 12, quando tropas da Wehrmacht na Ucrânia conseguiram quebrar as linhas soviéticas e completar o cerco a Kiev, que terminou quatro dias depois. No dia 19, o Einsatzgruppe A relatou ter morto até esse dia 85.000 judeus na região e em 29 e 30 de Setembro de 1941, sob o comando de Friedrich Jeckeln, grupos especiais e unidades policiais da SS, com a ajuda de auxiliares ucranianos e apoio logísitico militar, mataram 33.771 pessoas, na sua maioria judeus, na ravina de Babi Yar («ravina da avó»), então nos arredores de Kiev.

O massacre foi levado a cabo pelo Einsatzgruppe C, comandado pelo SS Paul Blobel, na mesma ravina onde viriam a ser assassinados nos meses seguintes milhares de judeus, prisioneiros de guerra soviéticos e ciganos Roma. Até à libertação de Kiev pelo Exército Vermelho, em Novembro de 1943, Babi Yar funcionou como local de administração da morte de judeus capturados na região. Viriam a ser assassinados mais 50.000, no âmbito da «operação 1005», também da responsabilidade de Paul Blobel.

O massacre perpetrado em Babi Yar, que se tornaria no símbolo da destruição do judaismo soviético, foi ultrapassado em amplitudo, entre outras chacinas, pelo massacre de Odessa, que tinha uma população judia de aproximadamente 200.000, ou 30% da população total da cidade. Em 16 de Outubro, as tropas romenas, então aliadas dos nazis, tomaram a cidade, restavam entre 80.000 e 90.000 judeus, que haviam fugido ou sido evacuados pelos soviéticos. Em resposta a uma explosão provocada pelo NKVD, na sede do comandante das tropas romenas, estas e Einsatzgruppen alemães chegaram a Odessa onde assinaram mais de 25.000 judeus e outros habitantes, capturados como reféns em Odessa.